В Томске 15–26 января 1919 года состоялся съезд исследователей из разных городов Сибири, Дальнего Востока, Урала. На съезде и был создан ИИС. Первоначально он существовал как Общество «Институт исследования Сибири». Начала разворачиваться деятельность по выстраиванию масштабного учреждения и организации научных исследований – экспедиционных, камеральных (кабинетных). «Штаб-квартира» института была в Томске – город благодаря своим вузам играл роль научной «столицы» региона. Здесь действовали отделы ИИС в соответствии с основными направлениями его исследований.